一、系（4个）

1.针灸系

下设：针灸学基础教研室、针灸学临床教研室、实验针灸学教研室，针药结合教育部重点实验室

2.推拿系

下设：推拿学基础教研室、推拿学临床教研室、传统功法教研室

3.健康养生系

下设：中医养生学教研室、中医治未病教研室、食品卫生与营养学教研室，江苏省中医药健康养生技术工程研究中心

4.康复系

下设：康复基础教研室、临床康复教研室、中医康复基础教研室、中医康复临床教研室

二、教研室（13个）

1.针灸学基础教研室 

2.针灸学临床教研室

3.实验针灸学教研室

4.推拿学基础教研室

5.传统功法教研室（与推拿学基础教研室合署）

6.推拿学临床教研室

7.康复基础教研室

8.临床康复教研室

9.中医康复基础教研室

10.中医康复临床教研室（与中医康复基础教研室合署）

11.中医养生学教研室

12.中医治未病教研室（与中医养生学教研室合署）   

13.食品卫生与营养学教研室

三、中心、实验室（3个）

1.教学实验中心

2.江苏省中医药健康养生技术工程研究中心  

    3.针药结合教育部重点实验室（江苏省针灸学重点实验室挂靠）

    四、行政办公室（4个）

    1.综合办公室

    2.教学办公室

    3.学科建设与科研管理办公室

    4.学生工作办公室/分团委